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.avi e .mkv sono dei contenitori, per intenderci si possono avere due video codificati allo stesso modo ma uno con estensione .avi e l'altro .mkv, quindi non è l'estensione che determina la qualità del file.

Siccome l'mkv supporta la codifica x264 a differenza dell'avi, in genere il contenitore avi viene usato per codificare in DivX/XviD mentre l'mkv viene solitamente usato per codificare in x264 che da risultati qualitativamente migliori a parità di bitrate, in più questa accoppiata viene in genere utilizzata per distribuire i video in alta definizione.

mkv è + recente