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Da quello che so io il chiasma è la giunzione di due cromatidi nella quale sta avvenendo la ricombinazione; la giunzione di Holliday è il meccanismo molecolare che può portare alla ricombinazione. In parole povere: il chiasma è quello che vedi, la giunzione è quello che succede.

Il crossong over non dovrebbe avere una zona preferenziale, anche se tendenzialmente direi che nel centromero e nei telomeri (la parte terminale) la frequenza dovrebbe essere minore in quanto la cromatina è più compatta.